ほとんどの卒団生が、高校に進学しても野球を続けています。 新宿シニアでは、選手の希望に添った進路相談を通じ、選手に応じた進路指導を行っています。 以下は、最近の卒団生が進学した主な高校の一覧です（順不同）。 【私立】
世田谷学園高校
日本大学鶴ヶ丘高校
青山学院高等部
岩倉高校
日本大学豊山高校
駒澤大学高校
明治大学附属中野高校
東海大学菅生高校
都立城東高校
都立文京高校 （野球部OB会HP）
都立総合工科高校
都立高島高校
横浜高校
桐光学園高校
流通経済大学附属柏高校
東京学館浦安高校
志学館高等部
浦和学院高校
慶應義塾志木高校
埼玉栄高校
本庄第一高校
霞ヶ浦高校
東洋大学附属牛久高校
佐野日本大学高校
静清高校
日本航空高等学校
専修大学北上高等学校
